Villy-le-bouveret est une commune vallonnée qui s'étend sur 349 hectares au cœur du plateau des Bornes, marquée par une belle dénivelée (entre 626 m et 802 m ), elle est bornée à l'ouest par le torrent des Usses qui la sépare de Cruseilles, au sud par le ruisseau du Verray qui marque la limite avec Groisy, et au nord celui des Morges qui sert en partie de frontière avec Menthonnex-en-Bornes. Ces cours d'eau ont favorisé l'installation du moulins et autres artifices (moulins Falconnet sur les Usses, moulin Tissot au confluent du Verray...).
Les hameaux traditionnels sont :
Le chef-lieu
Chez Falconnet
Chez Viollet
Chez Marèchal
Chez Bestiat
Chez Bouchet
Chez Bedonné.
Le sobriquets des habitants est " lou Favis " : les mangeurs de fèves.
Le toponyme Villy est peut-être le dérivé du nom d'un domaine gallo-romain possédé par un certain Villius. Il peut aussi découler du terme "villa" qui désigne la belle demeure du propriétaire gallo-romain ou un village au Moyen Âge. Le terme Bouveret, du latin "bouveretum", désigne une étable ou un pâturage pour les boeufs et par extension une métairie.