Le Sappey est mentionné pour la première fois en 1264 dans les documents écrits. Les habitants et les terres sont soumis à divers seigneurs, les nobles de Loex, les nobles de Gex et de Joinville et surtout le comte de Genève, qui détient entre autres la châtellenie de Mornex qui intègre Le Sappey. Le curé doit partager la dîme avec ces seigneurs laïcs et le chapitre Saint-Pierre de Genève. Lors du conflit delphino-savoyard au XIVe siècle, un camp fortifié semble avoir été aménagé au bord des Usses aux Bastires. Après la terrible épidémie de peste noire de 1348 qui a sans doute exterminé près de la moitié de la population, le nombre d’habitants remonte à environ 240 habitants au début du XVe siècle. Mais contrairement aux paroisses voisines qui connaissent une belle croissance démographique par la suite, Le Sappey perd des habitants (180 habitants vers 1516).