La population diminue à partir de la fin du XVIe siècle sous l'effet de la peste, des guerres et des disette, pour connaître un nouvel essor au XVIIIe (423 habitants en 1773).
Les habitants vivent de l'agriculture, mais Menthonnex compte aussi quelques notaires et autres artisans (forgerons, six moulins vers 1730...).
Cette agriculture est misérable, même si le territoire de Menthonnex est considéré à l'époque comme un "bon fond". Les trois quarts des propriètès recouvrent moins de 5 hectares. En raison du faible rendement, la culture des céréales occupe 65 % du sol, au détriment de l'élevage.
En 1701, la paroisse de Menthonnex retrouve son autonomie.
Elle est définitivement séparée de celle de Villy-le-Bouveret après plusieurs siècles de vie commune.
L'église, le presbytère sont rénovés en 1787.