Joux veut dire forêt, ce toponyme est très largement utilisé dans le jura et en Suisse. Sallan est un dérivé de Salaz, -mot d'origine germanique qui veut dire maison. Donc littéralement Sallanjoux veut dire la maison dans la forêt. Sur le cadastre sarde, il est associé au toponyme de la cour.
Ce dernier est utilisé pour signifier la présence d'un domaine aristocratique à la fin de l'époque mérovingienne (VIII e siècle) ou carolingienne (IXe et Xe siècle).
(Pour plus de renseignement sur ces domaines lire Menthonnex au fil du temps de Dominique Bouverat.)
L'association des deux toponymes évoquent l'existence probable d'une demeure et d'un domaine seigneuriaux médiévaux.
D'autant plus qu'un certain nombre de toponymes à proximité de Sallanjoux sont aussi de l'époque médiévale (la place, le Cavoet, le Curtil, la Siza).
C'est autour de cet ancien domaine que le hameau actuel s'est développé. Il y avait autrefois un moulin et une scierie.
Les grandes familles de Sallanjoux sont les Brand, dont les descendants sont encore implantés à Sallanjoux, les Baillard, leur ancêtre venant de Fillinge, arrivé dans les années 1870, épousa une Brand et les Debornes originaires d'Arbusigny. À noter que lors de l'établissement de la gabelle du sel en 1561, le patronyme Brand ne se trouvait qu'à Sallanjoux. À la fin du XVIIIe, 22 familles portaient ce patronyme et ils étaient répartis dans tous les hameaux de Vovray.
Plusieurs formes d’orthographe sont relevées au cours du temps, Sallanjoux, sallandiou, sallandieu, Salanjoux, Salanjout sont les plus fréquentes.

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