Au cours de la période moderne, la population continue sa progression, avec 229 habitants en 1561 et 245 en 1780. Cette population se consacre à l'agriculture. Le territoire de Villy est considéré à l'époque comme un assez bon fonds", mais faute de rendements suffisants, la culture des céréales occupe une majeure partie du terroir : " la moitié de terres, le reste bois et prés.
Parmi les événements marquants, il faut retenir la date du 29 juin 1851. Un violent incendie ravage alors l'église et treize maisons (soit presque tout le village).
L'église est remise en état et l'année suivante dotée d'une petite cloche au son argentin, qui constitue la plus ancienne cloche datée du diocèse d'Annecy (1582).
En 174, un rapport signale que les bâtiments du chœur et de la nef menacent une ruine totale. Des fentes apparaissent partout. Un incendie touche même l'église en 1749. D'importantes réparations sont effectuées dans les années 1770.
La paroisse de Menthonnex-en-Bornes se détache de celle de Villy-le-Bouveret en 1701.