Après l’invasion de la Savoie par les troupes française en septembre 1792, ceux de Villy choisissent pour député Etienne Fournier, chargé de représenter la commune à l’assemblée nationale des Allobroges à Chambéry et émettent le vœu de la réunion à la France, sous la condition toutefois de ne pas changer la religion catholique. Les biens de la cure sont vendus comme biens nationaux le 8 floréal an III (29avril 1795) au citoyen Etienne-François Pissard, notaire à Saint-Julien. Le 27 floréal an XII (17 mai 1804), onze chefs de famille de Villy décident de se porter acquéreurs du principal de ces biens de cure pour la commune pour 7 434 francs. Ils commencent par louer ces biens pour récupérer le prix d’achat et ce jusqu’en 1819. Ils remettent alors définitivement leurs propriétés à la commune pour que les revenus soient employés à financer le supplément du traitement du curé, les frais du culte et les réparations de l’église et de la cure. En 1801, le curé Aimé Tissot de Thorens ouvre un petit collège àVilly-le-Bouveret. À la suite de son décès la même année, il est remplacé comme supérieur de ce petit collège, par son neveu, l’abbé Claude-Jean-GrégoireFavre, qui fait prospérer cette institution. Ce collège a compté plus de 70 élèves. En 1807, Mgr de Thiollaz transfère cet établissement à La Roche-sur-Foron, dans l’ancien monastère des bernardines.