Les premières années dela Restauration sont marquées par des rapports difficiles entre le curé Tronchet et la municipalité. La population poursuit son essor (368 habitants en 1848). La majorité des chefs de familles exerce une profession agricole, mais on trouve aussi un tailleur et une tailleuse d’habits, un maréchal-ferrant, un cordonnier et un arpenteur. Les patronymes les plus nombreux sont Bouchet, Tissot, Sublet, Gay, Falconnet, Fournier, Duret. La commune s’équipe : construction de ponceaux sur les cours d’eau, organisation scolaire en 1852 et construction d’une école en 1854, création d’un bureau de bienfaisance, etc. En avril 1860, les 95 votants de Villy votent à l’unanimité l’annexion à la France à la condition d’intégrer la Grande Zone franche qui permet le maintien de la libre circulation des habitants et des biens vers la Suisse.