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Le nom de lieu La Cour à l'ouest de l'église, nous renvoie à la période du Haut Moyen Âge. Ce toponyme évoque le centre aristocratique d'un domaine mérovingien au carolingien.
Au cours des derniers siècles du Moyen Âge, plusieurs seigneurs exercent leurs droits sur les terres et les gens de Villy. On trouve le comte de Genève (dans le cadre de la châtellenie de Cruseilles), les nobles de Mont-Saint-Martin (Saint-Martin-Bellevue), de Sourire et de Monthouz, mais aussi la cure du lieu, qui possède quelques rentes seigneuriales. Mais les seigneurs les plus importants du lieu sont les nobles de Menthonay, qui tiennent les seigneuries de Villy et Menthonay et celle du Turchet. Leur pouvoir s'inscrit dans l'érection de fourches patibulaires ou gibets au lieu dit Aux Fourches, (près de l'ancien chemin romain , en entrant dans le territoire de Villy après le passage des Usses).
Dans le cadre paroissial, le curé du lieu doit composer avec le puissant chapitre de Saint-Pierre de Genève, qui possède un droit de persona depuis 1369, c'est à dire le droit de retirer des revenus provenant des fonctions paroissiales ou de fonds affectés à l'exercice du culte. Depuis le XIVe siècle la paroisse de Villy a absorbé la paroisse voisine de Menthonnex-en-Bornes. À la fin du Moyen-Âge, l'église, sous le vocable de Saint-Pierre apôtre est en fort mauvais état. En 141, on signale que le cœur s'effondre.
Après la terrible épidémie de peste noire qui a sans doute décimé près de la moitié de la population, les effectifs se relèvent péniblement environ 80 habitants en 1443, pour connaître un bel essor à partir des années 1480 (environ 120 habitats en 1518).
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